Byggdialogen är organiserad i grupper som följer processen planera - bygga -förvalta. Planeringsgruppen, byggruppen och förvaltningsgruppen har utsett ett presidium bestående av ordförande och vice ordförande. Dessa ingår i den övergripande samordningsgruppen som, förutom att hålla samman den totala verksamheten, också initierar aktiviteter, följer upp mål, anskaffar resurser samt kommunicerar såväl internt som externt. I samordningsgruppen ingår också en särskilt utsedd ordförande, projektledare samt en tjänsteman från Länsstyrelsen ansvarig för miljömålen.
Dialoggrupperna har till uppgift att konkretisera det arbete som behöver verkställas för att miljömålen ska nås. I s k handlingsplaner antas delmål, beskrivs aktiviteter, uppföljning, tidsplan samt resursbehov. Till respektive handlingsplan hör en arbetsgrupp bestående av deltagare från hela bygg- och förvaltningssektorn. Arbetsgrupperna formulerar sig i projektansökningar som, efter godkännande i dialoggrupperna, lämnas till samordningsgruppen för beslut. Vid beslut anvisas medel för genomförande.